登记管理机关与审计、物价、财税等部门都是行政执法机关，分别履行国家赋予的对事业单位有关方面的监督管理职能。其监督管理的主要区别体现在以下两个方面：

(一)监督管理的依据不同。登记管理机关对事业单位法人的监督管理主要依据《民法通则》、《事业单位登记管理暂行条例》。审计、物价、财税等部门对事业单位法人有关方面的监督管理，分别依据有关法律、法规或规章进行。

(二)监督管理的分工不同。登记管理机关代表国家监督管理事业单位法人是否按照规定办理登记和是否按照登记事项以及国家有关法律、法规、规章和政策开展社会经济活动。审计、物价等部门的监督管理是对事业单位法人的财务收支、价格管理、税收情况等专项业务的监督。